La UNCa se prepara para recibir, en forma escalonada, a los alumnos, con las siguientes pautas, las cuales se han sometido a evaluación del COE Provincial y del Ministerio de Educación de la Nación. 
Para el Nivel Superior, se establece un sistema gradual de retorno, el cual será acorde a los lineamientos establecidos y recomendaciones de las autoridades sanitarias de la provincia de Catamarca, considerando además los siguientes criterios de prioridad: exámenes finales; actividades prácticas pendientes del 1er cuatrimestre; asignaturas prácticas del último año y asignaturas teórico-prácticas del 1er año. 
Para el Nivel Preuniversitario, se establece una modalidad parcial, progresiva y gradual. 
Es parcial ya que comprende a los dos tramos de la trayectoria estudiantil, los que egresan del nivel educativo:  6º grado y 6º año de la Secundaria Fray M. Esquiú; 4º año del Ciclo Superior de la Secundaria Técnica ENET Nº1) y 1º grado y 1º año  de los alumnos que ingresan al nivel educativo.  
Por ello, se han realizado tareas de adecuación de las instalaciones, preparación de puntos de ingreso con los correspondientes controles, personal debidamente equipado y capacitado; demarcación de patios; indicación de aforos en aulas y oficinas; desinfección por luz UVC de bolsos y mochilas; cartelería y desinfección antes del ingreso;  adecuación de aulas y demarcación de puntos para el control del distanciamiento; retiros de bancos y colocación de dosificadores del alcohol, demarcación de patios; habilitación de salas de aislamiento preventivos. Asimismo, barreras de protección para zonas de atención al público y refuerzo en los mecanismos de higiene y desinfección de espacios.